קיימות מגוון סיבות לשיניים עקומות ולליקויי סגר. הסיבה העיקרית היא גנטית. סיבה זו גורמת לליקוי במבנה הלסתות ובעמדתן בשלושת הממדים, ולעיתים גם לליקוי בסידור השיניים ובעמדתן. גודל הלסתות ועמדתן מושפע רבות גם מגורמים סביבתיים (בניגוד לגודל השיניים אשר מושפע מגורמים גנטיים בלבד), וכתוצאה מכך, עלול להיווצר פער בין גודל השיניים לבין גודל הלסתות.
הפער הזה מהווה את הגורם העיקרי לליקוי הסגר. כאשר גודל השיניים גדול מהמקום הקיים בלסת להכיל אותן נגרמת צפיפות והתעקמות. כאשר גודל השיניים קטן יחסית לגודל הלסת נוצרים מרווחים גדולים בין השיניים. כאשר קיים ליקוי בעמדת הלסת התחתונה או בהתפתחות שלה, השיניים העליונות עלולות לבלוט קדימה לעומת התחתונות, ולעיתים אף להפך. אז מתקיימת בליטה של השיניים והלסת התחתונה קדימה, לעומת עמדה אחורית ושקועה של השיניים והלסת העליונה, מצב הקרוי סגר צלבי קדמי. תתכן גם הפרעה בממד הגובה של התפתחות הלסתות. כאשר הלסתות מתפתחות ביתר בממד הגובה, עלול להתקבל מנשך פתוח מלפנים, כלומר, חוסר מגע בין השיניים הקדמיות העליונות והתחתונות. במקרים ההפוכים, כאשר ממד הגובה מוקטן, יתקבל סגר עמוק בין השיניים הקדמיות העליונות לתחתונות. במקרה של הפרעה בממד הרוחב עלולה להתקבל היצרות של הלסת העליונה.
גורמים אחרים התורמים לשיניים עקומות ולליקויי סגר הם חוסר מולד או נרכש של שיניים, או שיניים כלואות בלסת. גורמים מגוונים עלולים להשפיע על עיכוב הבקיעה וההתפתחות של שיניים, כגון מחלות שונות, ציסטות או גידולים. במקרה של שיניים כלואות נפעל להשגת מקום לשן הכלואה והבקעתה למקומה התקין בלסת. במקרה של שיניים חסרות מלידה או שיניים שאבדו מסיבות שונות, נצטרך לשקול עם רופא שיניים מומחה לשיקום הפה, האם ראוי לסגור את המקום של השן החסרה בצורה אורתודונטית, או לשקם את השן החסרה באמצעות גשר פרוטטי.
גם הרגלים שונים הינם בעלי השפעה על עמדת השיניים והתפתחותן ועלולים לגרום להתעקמות שיניים. הרגל נשימת פה (בניגוד לנשימה תקינה דרך האף), יגרום להיצרות הקשת העליונה ולבקיעת יתר של השיניים הטוחנות ולכן למנשך קדמי פתוח. הרגל של שיבוש בדיבור או בבליעה בגלל פעילות לשון לקויה, וכן הרגלי מציצת מוצץ או אצבע, יגרמו להתפתחות לקויה של מיקום השיניים המגיבות לכוחות של הלשון, האצבע או המוצץ. לפיכך יש צורך להיעזר בגורמים רפואיים נוספים כגון רופא אף-אוזן-גרון לבדיקת דרכי האוויר והנשימה, קלינאית תקשורת לשיפור הדיבור והרגלי הלשון, ויש לפעול לגמילה מהרגלים מזיקים לשיניים כגון מציצת אצבע או מוצץ.
